Die Fakultät ist in zahlreiche inneruniversitäre, nationale und internationale Kooperationen eingebunden.

Die Fakultät ist Co-Leading House des Nationalen Forschungsschwerpunktes NCCR Kidney.

Gemeinsam betreiben Universität und ETH die Kompetenzzentren Neuroscience Center Zurich, Zurich Center for Structural Biology und Zurich-Basel Plant Science Center. An letzterem ist auch die Universität Basel beteiligt.