Die meisten Institute der MNF sowie das Dekanat und das Studiendekanat der MNF befinden sich auf dem Campus Irchel der UZH an der Winterthurerstrasse 190 in 8057 Zürich. Der Campus liegt zentral in einem naturnahen Park und ist mit öffentlichen Verkehrsmitteln gut erreichbar. Er verfügt über ein grosses Parkhaus.

Ebenfalls zur MNF der UZH gehören das Institut für Pflanzen- und Mikrobiologie und das Institut für Systematische Botanik, das auch den Botanischen Garten betreibt. Diese Einrichtungen befinden sich an der Zollikerstrasse 107 in 8008 Zürich. Sie sind mit öffentlichen Verkehrsmitteln erreichbar. Das Institut für Pflanzen- und Mikrobiologie unterhält zudem die Limnologische Station in Kilchberg. Das Zoologische Museum und das Paläontologische Institut und Museum befinden sich auf dem Campus Zentrum an der Karl Schmid-Strasse 4 in 8006 Zürich.

Die Gebäudenummerierung auf dem Campus Irchel erfolgt entlang der Mittelachse.
Gebäude und unterirdische Gebäudeteile links der Mittelachse tragen ungerade Zehnernummern, also 10-er, 30-er und 50-er Nummern. Gebäude und unterirdische Gebäudeteile rechts der Mittelachse sind mit geraden Zehnernummern bezeichnet.
 
Die Bezeichnung von Gebäuden und Räumen folgt diesem Schema:
Y10 G23
Y = Campus Irchel
10 = Gebäudenummer
G = Stockwerksbezeichnung
23 = Raumnummer
Der Durchgang von einem Gebäude ins nächste erfolgt auf dem Stockwerk G.